木材腐朽其实是因为受到木腐菌的侵害，木腐菌的生长必须同时具备下列三个条件：木材含水率高于18%;温度在 2～35℃的范围内;有氧气供应。如能去除其中之一，即可防止腐朽。古语云“千年不烂井底木”，是说明木材在水中缺氧而不腐。木结构与人类生活分不开，温度和氧气无法排除，只能将木材含水率控制在18%以内，也就是说使其处于干燥状态，防止木腐菌的侵蚀。因此，要求木结构各个部分处于通风良好的条件下，即使一时受潮，也能及时风干。所以在设计木结构时，首先要考虑结构的构造防腐措施：如设置隔温顶棚的木屋盖，必须将顶棚吊在木屋架下弦下面，并使下弦底面与隔温层保持一定距离，使整个屋架位于同一温度场内。如将隔温层置于木屋架下弦之上，则只好将屋架的支座节点砌在墙内，构成封闭的空间，以保证隔温层下面的正温度场的良好效果。但是当屋檐稍有渗漏，就能浸湿支座节点，由于处于封闭状态，难以短期风干。木材只要在一定的时间内含水率高于18%，木腐菌就能生长，而木腐菌在繁殖过程中将要排出数倍于原来用以维持生长的水分，湿润毗邻的木材，产生恶性循环，使腐朽蔓延。过去不少木屋架的支座节点曾因此而严重腐朽毁坏，甚至引起整个屋盖的塌倒。

不同的树种木材，由于细胞的内含物不同其耐腐性也有差别。如马尾松、桦木等即属于耐腐性差的树种。对于同一树种的木材，边材较心材易腐，所以边材所占比率较大的树种，其耐腐性也较差。当采用这些树种的木材制作木结构时，均应用防腐剂处理。